Heel veel data in je DNA

 Gepubliceerd door om 23:21  Onderzoek
Jul 082016
 

rotating_encodingHet is zo’n bericht dat je “overal” tegen kon komen, maar waar ik toch ook zelf een bericht over wilde schrijven: Microsoft is er in geslaagd om 200MB aan data in synthetische DNA op te slaan en weer uit te lezen.

De omvang van de hoeveelheid DNA die daarvoor nodig was, was minder dan het puntje van een potlood.

Het bericht op ComputerWorld heeft meer details. Het plaatje hiernaast is afkomstig uit het bericht van eerder dit jaar en laat zien hoe je van een letters/characters, via Binaire data (1-en en 0-en) met een tussenstap via Base 3 Huffman codering bij een codering in DNA nucleotides.

Die Base 3 Huffman codering kende ik nog niet, het is een verliesloze compressie die gebruik maakt van de frequentie van verschijnen van de binaire data. Simpel gezegd: als je alle letters in een brief een unieke code moet geven, dan is het handiger om de letters die het vaakst voorkomen de kortste mogelijke code te geven en de langere codes te gebruiken voor de letters die minder vaak verschijnen in de tekst.

Het tweede deel van het plaatje zorgde ook even voor wat denkwerk: hoe kom je van 12011 => GCGAG. Dat vergde even was puzzelen op de tabel die er onder staat. Nou is het voor de eerste vertaling van 1 => G niet echt eenduidig, want ik weet niet wat de vorige nucleotide was, maar vanaf daar gaat het gemakkelijker. Want het tweede cijfer is 2, als je dan in de rij met ervoor het cijfer 2 kijkt en dan de kolom opzoekt die hoort bij de vorige nucleotide (G in dit geval), dan zie je dat die 2 in dit geval als C wordt gecodeerd. De 0 die volgt wordt dan vastgelegd als G (zie de rij bij de 0 en de kolom C). De daaropvolgende 1 wordt dan een A etc.
Ik kan me dus voorstellen dat zowel het schrijven als lezen van de data niet erg snel gaat. Er komt het nodige rekenwerk bij kijken vooraf bij het encoderen via Base 3 Huffman en de afhankelijkheid van de nucleotides maakt dat fouten best ernstig kunnen zijn. Immers, ook bij het teruglezen is de “betekenis” (0,1,2) van een nucleotide (A,C,G,T) afhankelijk van de vorige nucleotide.

Het blijft echter interessante technologie, en ook harde schijven waren ooit onpraktisch van omvang. Dit is heel klein maar voor dagelijks gebruik ook nog onpraktisch. Dat kan (zal) nog veranderen.

 

Deel dit bericht:

Twitterarchief 06-07-2016

 Gepubliceerd door om 21:48  Twitterarchief
Jul 072016
 

Deel dit bericht:
Jul 052016
 

Skype_logoTja,  is het een feature of iets waarbij ook jij nog nooit tegen de oude grenzen aangelopen was?

Ik moest bij WhatsApp in ieder geval even hard zoeken wat daar de bovengrens is voor bijlagen. Het blijkt zo ergens rond de 16MB te liggen. Genoeg lijkt me voor een foto of gemiddeld Office-bestand. Natuurlijk, als je videobestanden door wilt sturen dan loop je tegen die grens aan. Dán zou die 300MB die een bijlage via Skype vanaf nu groot mag zijn, handig kunnen zijn. Dat je het bestand dan meerdere keren, dus op verschillende apparaten kunt downloaden, is eveneens handig.

Maar uiteindelijk is de Onedrive optie die geopperd wordt voor nóg grotere bestanden, dan waarschijnlijk ook verstandiger. Want dan staan de bestanden tenminste ook meteen op een plek waar je er samen, in de browser aan kunt werken. En dan hoeft het ook niet persé Onedrive te zijn, kan dan natuurlijk ook Google documenten zijn of zo.

De feature wordt de komende tijd uitgerold, dus het kan zijn dat het bij jou nog niet werkt.

Deel dit bericht:
Jul 042016
 

20160703_135208_HDRIn de categorie “had ik eigenlijk al langs eens mee moeten experimenteren” valt zeker het product dat ik dit weekend eens flink aan de tand gevoeld heb: een RFID Module voor Arduino en vergelijkbare apparaten. Immers, RFID (radio frequency identification) en zusje NFC (near field communication) kom je op steeds meer plekken tegen. Van mijn bankpas, OV-kaart, de personeelspas op het werk, de etiketten aan de kleren die ik bij sommige zaken koop, tot mijn telefoon (LG G4), om maar eens een paar voorbeelden te noemen.

20160702_141424_HDR-1Het setje dat ik ter beschikking gekregen heb, bestaat uit een RFID-RC522 reader, een kaart in credit card formaat en een tag in sleutelhangerformaat. De eerste stap die je moet uitvoeren (tenminste, dat is aan te raden) is het solderen van een van de twee bijgeleverde headers, de rechte of die met een hoek. Ik koos voor de header met de hoek van 45 graden, als je de reader vast wilt kunnen prikken in een breadboard zul je de andere kiezen.

Daarna heb je in totaal 7 kabels nodig om het geheel aan te sluiten op de Arduino.

Uno_RFID-RC522

Aansluitschema RFID-RC522

Daarbij moet je even opletten omdat het wellicht lijkt alsof de kabels in dezelfde volgorde van “rechts naar links” gaan, maar dat is niet zo. Als je van onder naar boven (met het zilverkleurige kristal aan de bovenkant) telt, dan is de onderste aansluiting voor 3,3 V (niet voor 5V). De GND (ground) zit niet er direct naast, maar eentje verder (je ziet GND staan op het bordje), die moet je aansluiten op een van de GND aansluitingen op de Arduino (er zijn er meer).

Dan krijg je de overige 5 aansluitingen:

  • De RST zit tussen 3.3V en GND op de RC522 (de gele kabel in het plaatje), die sluit je aan op ~9.
  • De aansluiting boven de GND sluit je niet aan, die erboven (turquoise in de afbeelding) gaat naar ~11
  • Die daarboven (groen) gaat naar ~11
  •  Die daarboven (oranje) gaat naar ~13
  • De bovenste (blauw) gaat naar ~10

Niet helemaal helder? Klik dan even op de afbeelding om goed het plaatje te bekijken.

DumpInfo

Output van DumpInfo script

De volgende stap daarna is uiteraard het vinden en installeren van de juiste library voor de RFID-RC522. De meest gebruikte is die van Michuel Balboa, dus die heb ik ook gebruikt. Na het installeren van de library heb je ook nu weer de beschikking over voorbeelden. Het voorbeeld dat je het meest inzicht geeft over de inhoud van een tag is DumpInfo. Daarmee krijg je namelijk niet alleen het UID (unieke ID van de tag), het type van de tag (PICC type: MIFARE 1KB in dit geval) maar ook de inhoud van de kaart / tag  te zien.

De twee tags die bijgeleverd worden zijn standaard leeg, daar is dus niet heel veel aan te zien. Wil je meer weten over wat je nou eigenlijk te zien krijgt in zo’n dump, dan is het handig om wat meer te weten over de MIFARE 1KB RFID kaart. De kaart maakt gebruik van 16 sectoren (in de dump genummerd 0 – 15) of 64 blokken (genummerd 0-63). Elk blok heeft ruimte voor 16 bytes aan data (te zien als kolommen genummerd 0 – 15 in de dump). De informatie die je ziet wordt in hexadecimaal formaat opgeslagen, dus daarom zul je in het algemeen in die dump alleen maar “zooi” zien, d.w.z. geen informatie waar je echt chocola van kunt maken zonder dat je de software de conversie naar leesbare tekst laat uitvoeren.

Wat je mogelijk ook zal opvallen in de dump of de screenshot hiernaast is dat er regelmatig de combinatie FF FF FF FF FF FF ziet staan. Goed gezien! Die combinatie is de standaardsleutel die gebruikt wordt bij het krijgen van toegang tot de data. Als je bv deze sketch als uitgangspunt neemt dan heb je daarmee eigenlijk alles wat je voor een eenvoudige situatie nodig hebt: je zou het unieke ID van een tag kunnen gebruiken om de Arduino bepaalde acties op te laten starten, je zou dan zoiets kunnen bouwen als de Nabaztag/tag van bijna 10 jaar geleden. Wil je specifieke info op de tag opslaan of met de Arduino vanaf de tag lezen, dan kan dat ook.

Maar ik wilde meer. Want ik had immers een LG G4 met NFC. En toen werd het wat ingewikkelder…
Lees verder….

Deel dit bericht:
Jul 032016
 


Calvin & Hobbes: the big bang door elbriga te vinden op Sketchfab

Alles is tegenwoordig in 3D of in Virtual Reality beschikbaar. Of dat ook voor strips het beste idee gaat blijken te zijn? Ik ben er nog niet uit. Natuurlijk, het voorbeeld met Calvin & Hobbes hierboven is heel erg cool. Vooral ook omdat het ook zonder speciale bril te bekijken is. Maar…zou ik zo een heel uitgave van Calvin & Hobbes zou willen lezen? Zoals gezegd, ik weet het nog niet.

Op The Verge kun je wat meer lezen over het achterliggend maakproces.

Deel dit bericht:
Jul 012016
 

SURF-Infographic-Learning-Analytics-Architectuur-met-stappen_lowresIk weet niet exact waar Learning Analytics zich inmiddels bevind op de meest recente hype cycle grafieken van Gartner (en ik heb het voor deze blogpost niet nagezocht omdat het me niet écht uitmaakte), maar afgaande op wat ik zo om me heen hoor is de eerste “hype” er wel een beetje vanaf. Geluiden als “we moeten studenten niet tot getallen reduceren” of “de docent weet het veel beter dan een computer” doen vermoeden dat we wat dat betreft de “peak of inflated expectations” inmiddels ruimschoots voorbij zijn.

Zoals in zo’n geval nodig is om ooit bij een productieve toepassing uit te komen, wordt er intussen wel gewoon doorgewerkt aan het helder krijgen van vragen als “wat moeten we er nu eigenlijk mee? en hoe?” en de bijbehorende onderliggende systemen, infrastructuren en afspraken. Om het overzicht daarop een beetje te houden, in deze blogpost een aantal verwijzingen naar werk waar (o.a.) SURF / SURFnet bij betrokken is.

Directe aanleiding voor de blogpost was de post van Jocelyn Manderveld getiteld “Experiment voor hands-on ervaring met learning analytics” op SurfSpace. Wat me daarin aansprak was het simpele lijstje van vragen die je je als docent/leraar/ondersteuner nu waarschijnlijk ook wel stelt als je je afvraagt hoe je studenten het doen of hoe er gebruik gemaakt wordt van het onderwijsmateriaal dat je beschikbaar stelt:

  • Heeft de student de opdracht(en) ingeleverd en wanneer?
  • Op welk moment voert de student de leeractiviteiten uit?
  • Volgt de student de eigen voortgang?
  • Hoe vaak doet de student een tussentijdse toets binnen een vak?
  • Welk materiaal wordt vaak gebruikt?

En juist dat gegeven, dus dat het geen vragen zijn die je alleen hebt als je met learning analytics aan de slag gaat, maken ze wat mij betreft krachtig. Want dan zou je kunnen (moeten!) gaan nadenken over vragen als: hoe geef ik antwoord op die vragen?
In het rapport waar Jocelyn naar link (PDF) getiteld “Learning analytics in het onderwijs: een onderwijskundig perspectief” staan nog meer van zulke vragen, zoals “Als studenten samen aan een groepsopdracht werken: Wie heeft welk aandeel gehad in de opdracht?” of “Wat zijn de belangrijkste onderwerpen waarover studenten discussiëren?” of “Heeft de student de instructie voor de leeractiviteit gelezen?”. Natuurlijk ben je er dan nog niet, want aansluitend moet je nadenken over welke interventie je op welk moment als docent dan wilt plegen.

Het rapport geeft overigens voornamelijk vragen, nog geen antwoorden. Zover is ook SURF net niet. Wel willen ze via een experiment laten zien wat mogelijk is. Een experiment dat ongetwijfeld nog de nodige uitdagingen met zich mee zal gaan brengen. En dan heb ik het niet eens over de in dit rapport (PDF) genoemde uitdagingen op ethisch vlak.

Kortom, nog steeds heel wat te doen. Maar omdat wij, als alles een beetje meezit, over niet al te lange tijd ook aan de slag gaan met dit soort vragen, en dan in de context van het mbo, blijf ik het werk dat op dit gebied gedaan wordt in ieder geval volgen. Het heeft immers geen nut hetzelfde wiel nog een keer uit te vinden.

Deel dit bericht:
Jun 302016
 

RechtdoenaanverschillenNee, ik was vandaag niet bij de eerste bijeenkomst van de gebruikersgroep iXpeditie Maatwerk in Nijmegen. Maar Jeroen Bottema was er wel en schreef dit verslag van de bijeenkomst. De foto hiernaast maakte Jeroen van een van de dia’s van de toelichting die mijn collega Anne-Marieke van Loon heeft gegeven bij het model dat gehanteerd wordt als het gaat om het verduidelijken van wat “recht doen aan verschillen” eigenlijk betekent binnen het iXperium / Centre of Expertise Leren met ict.

Het model wordt op verschillende manieren en op verschillende niveaus ingezet. Jeroen geeft in zijn bericht een uitgebreidere toelichting bij hoe e.e.a. binnen het iXpeditie Maatwerk gebruikt wordt, maar er is ook al een operationalisering van het model in gebruik dat als hulpmiddel dient bij het “beoordelen” van leerarrangementen op dit gebied. Ik zet beoordelen bewust even tussen haakjes omdat ook bij lessen, leerarrangementen, lesactiviteiten het niet zo is dat meer altijd beter is. In termen van het model: rechtsboven is niet het ultieme doel voor alles. Het zijn keuzes die je maakt, en die je bij voorkeur bewust maakt.

 

Deel dit bericht:

Tour de France Tunes

 Gepubliceerd door om 20:04  Algemeen
Jun 302016
 

TourTunesElk jaar, zo rond deze tijd is er een oud bericht uit 2011 dat meer hits krijgt dan anders. Het gaat om dit bericht dat verwijst naar NOS klassiekers die als ringtone te downloaden waren. Daar zaten ook de bekende tour-tunes bij.

Bij de NOS zijn die ringtones al lang niet meer te vinden, ik ga ze niet zelf hosten omdat ik nou eenmaal geen toestemming heb om ze te verspreiden, maar ik ben niet te beroerd om er naar te verwijzen zolang ik ze online kan vinden.

Overigens, op Spotify zijn ze zover ik kan ontdekken niet beschikbaar, via iTunes kun je de twee tunes van Rein van den Broek wel vinden en kopen.
Geen idee dus hoelang onderstaande links blijven werken, geef even een gil via de reacties als ze niet meer werken:

  • Rein van den Broek – Trumpet Cross: link #1, link #2 (versie met hoogste kwaliteit), link #3
  • Rein van den Broek – Tarantula: link #1 (video even op 720p zetten is beter voor audiokwaliteit), link #2
    Tune NOS Radio Tourflits: link #1
  • Tourtoeter: link #1

 

Deel dit bericht:
Jun 292016
 

KC_JaarbeeldHet is niet altijd even eenvoudig om uit te leggen waar ik nou precies werk. Bij de HAN, dat snappen mensen meestal nog wel. Het iXperium, als in de fysieke ruimtes in Arnhem of Nijmegen (en sinds kort Oss), dat kennen sommigen ook nog wel. Hoe daar onderzoek aan verbonden is of hoe het zit met het Kenniscentrum Kwaliteit van van Leren, waar wij onderdeel van zijn, is meestal een stuk minder bekend.

Na het Jaarbeeld 2015 van het Kenniscentrum Kwaliteit van Leren, als PDF hier te downloaden, weet je nog steeds maar een heel klein beetje van wat we doen en waar me mee bezig zijn, maar wel al wat meer.
KC_Jaarbeeld_Pierre_GorissenIk sta er, als (relatief) nieuwe medewerker, ook in. Heel weinig woorden (het is nu al een document van 30 pagina’s), maar ik neem aan dat er uit af te leiden is dat ik het hier in ieder geval prima naar mijn zin heb.

Denk jij na het lezen van het document nu “wauw, daar zou ik ook wel onderdeel van willen uitmaken!“? Nou dat kan! Er lopen op dit moment nog een aantal vacatures voor (senior/junior) onderzoekers bij de verschillende teams. Kijk dan zeker even op deze pagina. Twijfel niet te lang, de vacatures sluiten 3-7-2016.

Deel dit bericht:
Jun 282016
 

Het eerste bericht dat ik over Project Bloks tegen kwam gisterenavond laat was op Androidplanet.nl en dat had als titel “Project Bloks van Google leert kinderen programmeren“. En dat is eigenlijk precies niet wat het project doet.
Nou is de verwarring niet zo heel vreemd, want bij dat bericht was dit filmpje opgenomen, en dat filmpje is ook van Google, heeft vergelijkbare inhoud maar richt zich met name op een van de mogelijke eindproducten die te realiseren zijn met Project Bloks.

Project Bloks is namelijk gericht op ontwerpers, ontwikkelaars en onderzoekers. En ja, uiteindelijk ook op kinderen, maar het is voornamelijk een platform waar anderen producten op kunnen ontwikkelen.

Mooi. Al ben ik altijd een beetje sceptisch bij dit soort projecten van Google. Enerzijds hebben ze het geld om grote stappen te zetten, maar anderzijds is geen enkel project of product dat geen geld opbrengt zijn leven echt zeker bij Google. Met hetzelfde gemak draaien ze zoiets dan de nek om. Voor nu dus interessant, maar niet direct iets voor een leraar of docent. Ja, er is een eerste prototype dat samen met LEGO WeDo 2.0 of de Mirobot-tekenrobot en geschikt is voor kinderen tussen de vijf en acht jaar. Maar dat heeft als doel om te onderzoeken wat het beste werkt, niet om grootschalig in te zetten.

Nerddetail: Het Brain Board is gebaseerd op de Raspberry Pi Zero

Lees verder….

Deel dit bericht: